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        公司動態COMPANY DYNAMIC

        寶,高通量qPCR芯片更新啦。更的什么新?對科研的一片癡心!

        來源:admin    發布時間:2021-06-21   閱讀數:208

        寶,高通量qPCR芯片更新啦。更的什么新?對科研的一片癡心!自美格基因推出IUE高通量qPCR芯片產品服務以來,受到了客戶的廣泛關注,我們也在不斷地對該產品進行更新。本期我們帶來了高通量qPCR芯片產品分析V2.0版本,較V1.0版本新增了統計分析與繪圖等內容,為客戶提供更加多樣、詳盡的分析服務,是真愛無疑了!


        產品介紹

        熒光定量PCR(qPCR)可實時對樣本中的特定基因進行相對/絕對定量分析,因此常用于關鍵基因的檢測和組學數據的驗證,但通量低、操作繁瑣和實驗成本高的傳統qPCR已經難以滿足研究人員日益復雜的需求。美格基因與中國科學院城市環境研究所朱永官院士課題組深度合作,隆重推出IUE高通量qPCR芯片服務,可同時進行5184個qPCR反應,輕松滿足科研用戶一次性和便捷地檢測數百個目標基因的需求。目前,美格基因提供碳氮磷硫功能基因芯片、抗生素抗性基因芯片、環境糞便污染溯源芯片、病原菌定量芯片和砷功能基因芯片等5大高通量qPCR芯片產品服務。


        產品詳細介紹

        新品上線|美格基因攜手朱永官院士團隊強勢推出高通量qPCR芯片檢測服務!

        IUE高通量qPCR芯片檢測平臺
        圖1 IUE高通量qPCR芯片檢測平臺


        產品流程

        高通量qPCR芯片分析流程分為兩個版本。版本一(V1.0)只進行基礎的原始數據處理(下圖藍色填充部分);版本二(V2.0)在版本一的基礎上增加了統計分析與繪圖(下圖橘色填充部分)。


        高通量qPCR芯片V2.0版分析流程
        圖2 高通量qPCR芯片V2.0版分析流程


        V2.0版分析新增亮點

        01、基因檢測統計

        新增Venn圖分析,統計樣本中共有和獨有的基因,較直觀的體現各樣本之間的基因組成相似性及重疊情況。


        基因檢測韋恩圖
        圖3 基因檢測韋恩圖


        注:不同顏色代表不同樣品/組,圈和圈重疊部分的數字代表對應樣品/組之間共有的基因個數,沒有重疊部分的數字代表樣本/組特有的基因個數,而花瓣圖則顯示各樣本/組特有及共有的Unigene個數。


        02、基因相對定量統計

        新增PCA主成分分析、PCoA分析和NMDS分析。這三種分析可以分析樣本間的聚類關系,較直觀的體現組間的整體差異。     


        相對定量PCA圖
        圖4 相對定量PCA圖

        注:一個點代表一個樣本,點與點空間距離表示樣品間的差異程度。主成分1(PC1)和主成分2(PC2)是造成樣品間差異的第一和第二大特征值,百分比表示兩個主成分對樣品差異的方差貢獻率。

        除了上述分析,還新增了樣本相關性熱圖分析,可根據顏色和數值分辨出樣本的整體情況。


        樣本相關性熱圖
        圖5 樣本相關性熱圖

        注:顏色對應相異系數值,相異系數越大表示兩樣本間差異越小。熱圖中對樣本間做了聚類,樣本之間差異越小,則在聚類樹上的距離越近。


        03、基因絕對定量統計

        新增基因絕對定量熱圖分析,可從熱圖注釋條不同顏色分類和中間顏色對應值分辨出各樣本Top30基因定量信息。除了絕對定量熱圖分析,還新增了基因家族堆疊圖分析,可通過不同顏色和柱形圖高度分辨出各樣本Top15基因家族整體情況。


        基因家族堆疊圖(Top15)
        圖6 基因家族堆疊圖(Top15)

        注:Top15基因家族堆疊圖,剩余的基因家族歸到others


        04、組間比較分析

        >>組間群落差異顯著性檢驗

        新增Anosim(Analysis of Similarities)相似性分析、Adonis(Permutational Mmultivariate Analysis of Variance,PERMANOVA)置換多元方差分析,根據得到的R值和P值來檢驗組內與組間的差異大小。

        新增MRPP(Multiple Response Permutation Procedure)多響應置換過程分析,根據得到的A值、Observe Delta值和Expect Delta值來檢驗組間(兩組或多組)的差異是否顯著大于組內差異。

        >>組間基因差異顯著性檢驗

        新增兩組比較Welch T檢驗(Welch’s t test)、多組比較方差分析(ANOVA)和多組比較Kruskal_Wallis秩和檢驗,通過不同顏色和柱形圖長度分辨出樣本間差異最顯著的Top10基因的差異顯著性情況


        Welch T檢驗差異最顯著的Top10基因柱狀圖
        圖7 Welch T檢驗差異最顯著的Top10基因柱狀圖


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